Avva Isidor s-a născut în satul Lîskovo din judeţul Makarievsk al guberniei Nijegorodski, primind la sfântul botez numele Ioan. Părinţii săi erau nişte ţărani voinici ai cnejilor Gruzinski; se numeau Andrei şi Parascheva Kozinî. Aşa că Ioan îşi spunea, după numele de familie, în două feluri: ba Gruzinski, ba Kozin, dar de obicei Gruzinski. Anul naşterii sale nu este cunoscut cu exactitate. După spusele stareţului Avraamie de la Schit, Ioan s-a născut exact în anul când a trecut la cele veşnice Cuviosul Serafim, Făcătorul de Minuni al Sarovului. Dar Ioan, deja cu puţin timp înaintea morţii sale, povestea în repetate rânduri despre o discuţie care i se întipărise bine în minte, aceea pe care o avusese cu mama sa în ziua trecerii la cele de dincolo a Cuviosului Serafim. „Se răspândise o aromă minunată – povestea el. Am întrebat-o pe mama de unde venea, iar mama îmi spuse: «S-a stins stareţul Serafim». Vestea morţii sale sosi abia peste două-trei zile””.”. Deschid aici o paranteză doar pentru a nota intuiția sau inspirația pe care o primesc oamenii simpli și credincioși. închid paranteza și continui cu textul lui Florenski: „Dacă e să ne bazăm pe prima variantă, anul naşterii lui Ioan ar trebui să fie 1833. Dar dacă e s-o credem pe cea de a doua, trebuie să ţinem cont că în 1833 Ioan trebuia să fie destul de mare ca să ţină minte evenimentele acelui an; atunci, aşa cum considera şi Ioan, anul naşterii sale ar fi trebuit să fie 1814.
Oricum ar fi fost, în viaţa lui Ioan pătrunsese o rază din strălucirea Cuviosului Serafim. Încă purtându-l în pântece, mama lui Ioan se dusese la Sarov, la stareţul Serafim. Sfântul o alese dintr-o mulţime mare de popor şi o chemă în faţă, închinându-i-se până la pământ în faţa tuturor, şi îi prezise că din ea se va naşte un mare nevoitor şi că numele său va fi Isidor. Mai târziu, la Schit, Avva Isidor era în relaţii foarte apropiate cu unul dintre ucenicii stareţului Serafim.
Despre copilăria, adolescenţa şi tinereţea lui Ioan se ştie foarte puţin – ceea ce povestea el însuşi. Este vorba, în primul rând, despre participarea lui la teatrul de la curtea cnejilor Gruzinski. Jucase în Filka şi încă în câteva scenete comice. Se pare că dragostea sa pentru poezie şi artă se născuse tocmai în această perioadă. Dar, cu tot gustul său pentru astfel de distracţii lumeşti, tânărul nu-şi uita sufletul. Încă de pe atunci începu să-şi dorească asceza monahală. „În timpul nopţii, tata cu mama începeau să se ocupe uneori cu treburi de-ale lor – povestea el cu puţin timp înaintea morţii sale -, iar eu mă întorceam cu faţa la perete să privesc la tabloul cu Cuvioşii Zosima şi Savatie, şi vedeam parcă păşuni verzi şi lăcaşuri”.
