Începuturile datează din 1924, din timpul episcopului Nicolae Ivan, dar abia în 1938 Muzeul Eparhial se deschide pentru public în câteva săli de la etajul doi al reşedinţei episcopale. Colecţiile cuprindeau obiecte de cult, icoane, tipărituri şi manuscrise, documente privind istoria bisericii, informează Academicianul Marius Porumb.

O reorganizare după criterii moderne a muzeului a avut loc în 1975, când muzeul a fost redeschis pentru public la etajul II al reşedinţei Arhiepiscopiei Ortodoxe a Clujului. Patrimoniul muzeului a fost îmbogăţit cu numeroase icoane, vechi tipărituri, documente şi obiecte de cult, în prezent fiind una din cele mai importante colecţii de artă veche românească din ţară.

Marele teolog şi cărturar, Mitropolitul Bartolomeu a iniţiat amenajarea spaţiului din demisolul Catedralei, în care s-a prevăzut organizarea expoziţiei permanente a Muzeului Mitropolitan.

Muzeul Mitropoliei Clujului a fost reorganizat în cursul anului 2011, după o concepţie muzeografică ştiinţifică şi modernă, fiind o instituţie ce tezaurizează valori inestimabile ale istoriei naţionale, ale vieţii religioase ale românilor transilvăneni, un patrimoniu cultural artistic ce cuprinde vechi icoane pictate pe lemn şi sticlă, obiecte de cult, manuscrise şi carte veche românească, obiecte şi documente legate de istoria Eparhiei Clujului.

Iniţiativa Mitropoliei Clujului de reorganizare a muzeului de artă religioasă într-o formulă modernă, profund ştiinţifică, de tezaurizare a unor valori artistice şi istorice, sau de valoare documentară, o datorăm vrednicului de pomenire, Mitropolitul Bartolomeu, preluată cu entuziasm de IPS Andrei, Arhiepiscop şi Mitropolit Ortodox al Clujului, care s-a angajat cu fermitate şi dăruire, sporind şi împlinind moştenirea iluştrilor săi înaintaşi.

Sărbătoarea celor 90 de ani de la reînfiinţarea Eparhiei Ortodoxe a Clujului a constituit un prilej excepţional de inaugurare a Muzeului Mitropoliei Clujului. În data de 6 decembrie 2011, de ziua Sfântului Ierarh Nicolae, după Liturghia solemnă din Catedrală, Preafericitul Părinte Daniel, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române, împreună cu un mare număr de ierarhi au participat la ceremonia de sfinţire a Muzeului Mitropoliei Clujului.

Patrimoniul Muzeului Mitropoliei Clujului cuprinde un număr mare de icoane pictate pe lemn şi sticlă, obiecte de cult, potire, manuscrise liturgice din secolele XV-XIX şi tipărituri din secolele XVII-XIX, ce provin din diferite centre tipografice româneşti, demonstrând o continuă circulaţie a cărţii de o parte şi de alta a Carpaţilor, contribuind hotărâtor la unitatea limbii în întreg spaţiul locuit de români.

Dominată de statuia lui Ştefan cel Mare şi Sfânt, ctitor şi protector al ierarhilor ortodocşi de la Vad şi Feleac, prima sală a muzeului este dedicată personalităţii marilor ierarhi ai Eparhiei Ortodoxe Române a Clujului: Episcopul Nicolae Ivan (1921-1936), întemeietorul şi ctitorul Catedralei, Episcopul Nicolae Colan (1936-1957), un luptător în vremuri de restrişte, un apărător şi păstor adevărat al turmei sale, devenit Mitropolit al Ardealului, bunul Arhiepiscop Teofil Herineanu (1957-1992), un om ce s-a ridicat deasupra vremurilor sale prin marile sale calităţi sufleteşti, şi Arhiepiscopul şi Mitropolitul Bartolomeu (1993-201), marele ierarh, tălmăcitor al Bibliei, ctitor al Mitropoliei Clujului, cărturar şi scriitor, dramaturg şi poet. În imediata vecinătate a primei săli muzeale se află necropola ierarhilor, un spaţiu amenajat sub absida altarului catedralei, ca o capelă, în care se află mormintele Episcopului Nicolae Ivan, Arhiepiscopului Teofil Herineanu şi Mitropolitului Bartolomeu.

În pandant cu zona dedicată ierarhilor, prima sală cuprinde, de asemenea, un grupaj de splendide icoane datând din secolele XVII-XVIII, datorate unor pictori activi în Transilvania. Vitrinele expun manuscrise şi vechi tipărituri din centrele de la Alba Iulia, Blaj şi Sibiu, sau din Moldova şi Ţara Românească, acestea din urmă ilustrând o vie circulaţie a cărţii religioase în toate provinciile româneşti.

O parte din bogata colecţie de antimise conservate în patrimoniul muzeului sunt expuse simbolic, cele mai multe datând din secolul XVIII, fiind nu numai obiecte liturgice importante, dar în acelaşi timp reprezentând opere de artă grafică, având însemnătate documentară pentru istoria Bisericii româneşti transilvane.

Spaţiul generos de sub pronaosul Catedralei, incluzând în zona centrală o amplă sală, înconjurată de mai multe săli şi coridoare, creează o ambianţă de mister şi evlavie, evocând lumea mânăstirească, pe cea a catacombelor paleocreştine sau a bisericilor subterane.

Sala centrală de sub pronaos cuprinde numeroase vestigii, în original sau în reproducere fotografică, evocând pagini de istorie religioasă, privind vechea Episcopie a Vadului. Câteva preţioase vestigii se referă la Arhiepiscopia şi Mitropolia de la Feleac (documente originale, imaginea Tetraevangheliarului cu inscripţia din 1498 ce menţionează Mitropolia şi pe donatorul Isac Vistiernicul lui Ştefan cel Mare). Atmosfera încărcată de istorie şi artă, în care sunt expuse manuscrise liturgice din secolele XV-XVI, tipărituri din secolele XVII-XVIII, preţioase fragmente de frescă din prima jumătate a secolului XV de la biserica din Răchitova (jud. Hunedoara), ctitorie a cnejilor Muşineşti, admirabile icoane din secolul XVI datorate unor pictori de şcoală moldovenească, ce au pictat pentru bisericile româneşti din judeţul Cluj de la Dezmir, Ciuleni şi Nadăşu. Din secolul XVII datează icoanele de la Rona de Jos (jud. Maramureş) şi Osoi (jud. Cluj).

La loc de cinste se află icoana Maicii Domnului cu Pruncul, provenind din biserica satului Ilişua, pictată în anul 1673 de Luca din Iclod, autorul celebrei icoane miraculoase de la Mânăstirea Nicula.

În spaţiul de sub pronaosul Catedralei se află expuse numeroase icoane din secolul XVIII, semnate sau atribuite pictorilor: Radu Munteanu din Ungureni, Alexandru Ponehalschi, Nechita Zugravul, Popa Ivan din Răşinari, Andrei din Corneşti, Iacov din Răşinari, Ştefan Popa, Gheorghe fiul lui Iacov, Tudor Zugravul, David de la Curtea de Argeş.

Două săli sunt dedicate icoanelor pe sticlă, un mare număr de icoane ilustrând diferite faze ale celui mai vechi centru transilvănean de pictură pe sticlă care a fiinţat la Mânăstirea Nicula şi în satul din apropiere. De o valoare deosebită sunt icoanele datate în secolul XVIII pictate la Nicula, muzeul având una din colecţiile cele mai bogate din România.

Vizita la Muzeul Mitropoliei Clujului se încheie cu expoziţia dedicată personalităţii vrednicului episcop Nicolae Ivan, ctitorul Catedralei Ortodoxe din Cluj-Napoca şi primul episcop al reînviatei Episcopii Ortodoxe a Vadului, Feleacului şi Clujului. Catedrala Ortodoxă, realizare de excepţie a arhitecturii interbelice româneşti, împreună cu Muzeul Mitropoliei Clujului sunt obiective culturale şi religioase de o importanţă majoră pentru cei ce vizitează oraşul de pe Someş. Muzeul este comoara de artă şi istorie românească de sub catedrală, care merită a fi văzută şi admirată de clujeni, de cei ce studiază la Cluj, de călătorii români şi străini.